Ein solches Massenbilanzsystem ermöglicht den Nachweis darüber, dass eine Gasmenge, die aus dem Erdgasentz entnommen wird, bilanziell einer selben Menge an Biomethan, Deponie-, Klär-, Gruben- oder Speichergas entspricht, das an anderer Stelle ins Erdgasnetz eingespeist wurde (über das Kalenderjahr betrachtet und bezogen auf das Wärmeäquivalent). Hierfür zeichnet das Massenbilanzsystem den gesamten Vertrieb des Gases von seiner Herstellung über seinen Weg im Erdgasnetz (Einspeisung, Transport, Entnahme) ab.
Die Verwendung eines solchen Massenbilanzsystems ist seit 2013 Voraussetzung für die EEG-Förderung beim sog. Gasabtausch. So wird Strom, der ab 1. Januar 2013 (s. § 66 Abs. 10 EEG 2012) aus Gas erzeugt wird, das aus dem Erdgasnetz entnommen wird, nur dann als "Strom aus Biomethan, Deponie-, Klär-, Gruben- oder Speichergas" gefördert, wenn für den gesamten Transport und Vertrieb des Gases Massenbilanzsysteme verwendet wurden (s. § 44b Abs. 5 EEG 2017, § 47 Abs. 6 EEG 2014 und § 27c Abs. 1 EEG 2012).
Laut den Gesetzgebungsmaterialien zum EEG 2012 (BT-Drs. 17/6071, S. 74) kann zur Erfüllung der Anforderungen an die Massenbilanzierung u.a. auf das Biogasregister Deutschland der dena zurückgegriffen werden. Es können jedoch auch andere Massenbilanzsysteme genutzt werden; so bieten auch weitere Unternehmen die Massenbilanzierung als Energiedienstleistung an (bislang z.B. ARCANUM Energy). Das BMU hat zu den - im EEG und EEWärmeG identischen - Anforderungen an ein Massenbilanzsystem eine Auslegungshilfe (Hinweis Nr. 1/2012) erarbeitet (s. auch im Anhang).